Налайх, Багахангай дүүргийн прокурорын газар нь анх 1952 онд Улаанбаатар хотын прокурорын харьяа Налайх хорооны хэсгийн прокурор нэртэйгээр байгуулагдаж, хэсгийн прокурор болон нарийн бичгийн дарга, зарлагын орон тоотойгоор ажиллаж байгаад, БНМАУ-ын Сайд нарын Зөвлөлийн 1962 оны 08 дугаар сарын 17-ны өдрийн 424 дүгээр тогтоолоор Налайх хотын прокурорын газар болгон өргөжүүлж, хотын прокурор, туслах прокурор 3, мөрдөн байцаагч 1, нарийн бичгийн дарга, зарлага, жолооч гэсэн 8 орон тоотой ажиллах болжээ.

Налайх хот 1965 онд Улаанбаатар хотын харьяа Налайх район болж өөрчлөгдсөнөөр Улаанбаатар хотын Налайх районы прокурор болжээ.

Тус прокурорын газар нь үүсэн байгуулагдсанаасаа хойш 1990-ээд оныг хүртэл хугацаанд тухайн үеийн улс орны нийгмийн тогтолцоог зохицуулсан эрх зүйн зохицуулалтад тусгагдсанаар "БНМАУ-ын хуулийн хэрэгжилтэд төрийн дээд хяналт тавих" үүргийг харьяалагдах нутаг дэвсгэрийн хэмжээнд хэрэгжүүлж байсан байна.

1992 онд батлагдсан Монгол Улсын шинэ Үндсэн хуулийн 56 дугаар зүйлд зааснаар "Прокурор хэрэг бүртгэх, мөрдөн байцаах, ял эдлүүлэх ажиллагаанд хяналт тавьж, шүүх хуралдаанд төрийн нэрийн өмнөөс оролцоно" гэсэн чиг үүрэгтэй болж өөрчлөгдсөн.

Засаг захиргааны нэгжид өөрчлөлт орсонтой уялдаж, өмнө нь Налайх хотын прокурорын газар байсныг Налайх дүүргийн прокурорын газар болгон дүүргийн прокурор, хяналтын прокурор, нарийн бичгийн дарга, бичээч, зарлага, жолооч гэсэн орон тоотойгоор зохион байгуулалтын өөрчлөлт хийгджээ.

Прокурорын байгууллагын тухай хуульд 2002 онд өөрчлөлт орж, прокурорын байгууллагын бүтэц зохион байгуулалт өөрчлөгдсөнөөр Дүүргийн прокурорын газарт орлогч, туслах прокурор, туслах ажилтны орон тоо бий болсон байна.

2014 онд Монгол Улсын "Шүүх байгуулах тухай" хууль батлагдсантай холбогдуулан Монгол Улсын ерөнхий прокурорын 2014 оны 02 дугаар сарын 11-ний өдрийн А/09 дугаар тушаалаар Налайх дүүргийн прокурорын газрыг “Дүүргийн 4 дүгээр прокурорын газар” болгон өөрчилж, дүүргийн прокурор, дүүргийн прокурорын орлогч, ял эдлүүлэх ажиллагаанд тавих хяналт хариуцсан туслах прокурор, тамгын хэлтсийн дарга, мөрдөн шалгах ажиллагаанд тавих хяналт хариуцсан хяналтын прокурор 4, мэдээлэл дүн шинжилгээ, бодлого төлөвлөлт хариуцсан хяналтын прокурор 1, ял эдлүүлэх ажиллагаанд тавих хяналт хариуцсан хяналтын прокурор 1, нарийн бичгийн дарга 1, прокурорын хяналтын ажилд туслах чиг үүрэг бүхий туслах ажилтан 4, программист 1, нягтлан бодогч 1, жижүүр 4, үйлчлэгч 1 гэсэн орон тоотойгоор ажиллах болсон.

Харьяа хяналт тавих нутаг дэвсгэрийн нэгж дээр Төв аймгийн Эрдэнэ, Баян, Баянжаргалан сумын нутаг дэвсгэрт хууль тогтоомжийн хэрэгжилтэд хяналт тавьж ажиллах болсон байна.

Монгол Улсын Их Хурлын 2015 оны 07 дугаар сарын 02-ны өдрийн 65 дугаар тогтоолоор прокурорын байгууллагын бүтэц, зохион байгуулалтыг шинэчлэн баталсантай холбогдуулан Монгол Улсын ерөнхий прокурорын 2015 оны 07 дугаар сарын 02-ны өдрийн А/77 дугаар тушаалаар Нийслэлийн Налайх, Багахангай дүүргийн прокурорын газар болгон өөрчилсөн.